Volumen 1: Génesis
Todo comienza cuando un grupo de personas aparentemente normales van poco a poco siendo conscientes de que tienen poderes extraordinarios. Los acontecimientos ilustran sus reacciones ante esos poderes, y cómo su descubrimiento afecta a nivel personal y profesional a sus vidas.
Al mismo tiempo, algunos individuos normales investigan los orígenes y alcance de esas habilidades especiales. Mohinder Suresh es un genetista que decide continuar con el estudio iniciado por su padre fallecido, acerca del origen biológico de esos poderes. Por otro lado, Noah Bennet dirige una organización secreta, conocida como “La Compañía”. Todos los “héroes” terminan cayendo en la conspiración de la Compañía, que quiere controlarles, y son piezas claves en la explosión que está a punto de destruir Nueva York y sus habitantes.
A lo largo de la temporada, es vital la presencia (al principio en segundo plano) del asesino de héroes, Sylar, y las constantes manipulaciones del criminal Linderman. Ambos influirán en los héroes. Las historias personales de cada uno (los poderes de Peter, la campaña política de Nathan, Claire y su búsqueda de su padre biológico, los viajes de Hiro, las múltiples personalidades de Niki y las visiones de Isaac) culminan en un encuentro apoteósico en el Kirby Plaza de Nueva York.

Volumen 2: Generations
Esta segunda entrega de las aventuras de los héroes comenzó a emitirse en USA y Canadá el 24 de septiembre de 2007 y finalmente se ha quedado en 11 de los 24 episodios. La temporada había sido planificada en volúmenes, el primero de los cuales se correspondía con los primeros 11 episodios que se emitieron.
Aunque no podemos desvelarlo todo, sí podemos dar algunas pinceladas de lo que vamos a ver: aquéllos que han sobrevivido a los terribles acontecimientos de Kirby Plaza intentan regresar a su vida normal, intentando vivir sin sus poderes, todos menos Sylar, que decide intentar recuperarlos. La trama principal gira en torno a La Compañía y su investigación sobre el virus Shanti. Los experimentos los llevan a cabo los fundadores de la compañía, de los que se revelará la identidad, y también veremos el efecto de cepas del virus en el Haitiano, Niki Sanders, Sylar y los demás. Un Peter Petrelli con amnesia ve la potencial devastación que el virus puede causar en el futuro de Nueva York. La segunda temporada nos presenta nuevos personajes, como Maya y Alejandro, que viajarán desde Honduras a los Estados Unidos; el novio de Claire, West; Monica Dawson, de Nueva Orleáns y prima de Micah; o Elle Bishop, que trabaja para La Compañía.
La Compañía además, manipulará a Mohinder Suresh y a Ando Masashasi para intentar averiguar qué le ha ocurrido a Hiro, de viaje al Japón Feudal, donde conocerá a su héroe de la infancia, Takezo Kensei. También veremos al padre de Hiro.

Volumen 3: Villains
“Villains” es la tercera entrega del show, en el que, según Tim Kring, veríamos una auténtica lluvia de villanos, de ahí su nombre. Otros acontecimientos de la temporada sería el éxito de la cura creada por Mohinder, lo que permitiría a Sylar recuperar sus poderes.