Temporada 3

01. El Sr. Monk conquista Manhatan
Monk viaja hasta Nueva York para averiguar cuál era la conexión entre Trudy y Warrick Tennyson (Frank Collison). En este viaje va acompañado de su inseparable Sharona y del capitán Stottlemeyer y de Randall Disher pero a pesar de contar con sus amigos la ciudad de Nueva York se le hace demasiado grande y demasiado ruidosa.
Mientras aún están en la recepción del lujoso hotel donde Monk ha realizado la reserva se produce un tiroteo en el cual el nuevo embajador de Letonia y dos de sus acompañantes fallecen. Monk es golpeado por el agresor cuando este huía del hotel y cree poder identificarlo.
Warrick Tennyson ha accedido a testificar en una importante causa federal contra el crimen autorizado. Al estar en prisión preventiva no quieren que nadie se le acerque. La fiscal quiere que Monk y sus amigos le ayuden en el caso del embajador y ella aceptará que hablen con Tennyson.

02. El Sr. Monk y la habitación del pánico
Un reconocido productor discográfico se encuentra en su casa en su estudio de grabación privado con su chimpancé Darwin, de cinco años, preparando un nuevo trabajo cuando suena la alarma que le alerta de intrusos en la finca. Él se lleva inmediatamente al animal al que ha criado desde que era un bebé a la habitación del pánico de la casa donde se encierra pero cuando llega la policía se encuentra a Ian Blackburn (Stewart McLennan), el productor, con cuatro balazos con el animal al lado de su cuerpo portando un arma.
Benjy, el hijo de Sharona, ha tenido una pelea en el colegio por defender a otro niño más pequeño y aunque su madre quiere castigarle Monk trata de defender al niño. Ambos han de tener que dejar el tema de los castigos porque a Monk le encargan investigar el caso del asesinato del productor. Ian Blackburn llevaba 2 años casado con Cloe (Carmen Electra), una de las cantantes más conocidas del planeta.

03. El Sr. Monk y el apagón
Monk juega con Benjy al pintagarabatos en casa de Sharona antes de ver el concierto del vicentenario de San Francisco en la tele mientras un desconocido entra en la estación de electricidad provoca un apagón en toda la ciudad. El terrorista sabia donde colocar la bomba pero no parecía querer dejar sin luz a medio estado, ya que si la hubiese echo explotar los casi dos kilos de goma 2 con una carga de magnesio media hora después habría afectado a más población. El apagón provocó dos muertos por infarto y una fallecida que se encontraba en una máquina de diálisis.
El FBI ha encontrado una nota que parece querer compartir con la policía, cosa que Stottlemeyer y Disher aprovechan mientras dure. Mientras Monk parece hacer buenas migas con la relaciones públicas de la empresa eléctrica Michelle Rivas (Alicia Coppola) que lo deja impresionado. Monk tras ver la carta relaciona una de las frases que contiene con una que había leído diez años antes en una carta de un hombre llamado Winston Brenner del que Trudy había publicado un artículo. Stottlemeye recuerda que era un radical peligroso de Boston que habia volado una oficina de reclutamiento donde habían muerto dos soldados.

04. El Sr. Monk es despedido
Mientras Larysa Zeryeva (Andreea Radutoiu) está tomando el sol en la piscina tras darse un baño, Paul Harley (Brennan Elliott) llega a casa y le tapa los ojos para darle unas sorpresa en el garaje. Pero cuando ambos están allí no hay el esperado coche que ella cree que piensa regalarle su marido sino un asesinato, el suyo, ya que su marido la golpea con una barra y la descuartiza.
Por su parte Karen Stottlemeyer acude al trabajo de su marido ya que va hacer un documental de "cinema verite" para la televisión pública y su marido y sus compañeros de trabajo son los protagonistas del trabajo. Pero el comisionado Brooks (Saverio Guerra) llega y quiere enseñar a Stottlemeyer como trabajar y hacer un buen trabajo policial dando prioridad a los casos importantes. Pretende que le den prioridad a un caso que ha aparecido en primera plana en los periódicos donde se dice que la policía no tiene pistas sobre un cadáver encontrado sin cabeza. Brooks está totalmente en contra de que Monk ayude a la policía ya que tiempo atrás el detective descubrió que el comisionado mentía para encubrir a un colega. Tras borrar por error diez años de archivos forenses Monk es despedido a pesar de que la mayoría de los archivos tenían copia.

05. El Sr. Monk conoce al padrino
Mientras Sharona y Monk salen del taller, donde han tenido que dejar el coche de la enfermera sin saber muy bien como pagar la factura, un coche para justo frente a ellos y de su interior se baja Tony Lucarelli (Lochlyn Munro) y Vince (Oleg Zatsepin). Tony les explica que su tío Salvatore Lucarelli (Philip Baker Hall) quiere hablar con Monk de un posible trabajo, pero Monk no parece interesado en trabajar para el padrino de la costa oeste pero no le dan muchas oportunidades de renunciar y Tony parece saber como tratarlo a él y a Sharona, quien parece gustarle mucho.
Salvatore le explica a Monk que el hijo de su hermana y cuatro de sus amigos fue asesinado el día anterior en una barbería que servia como tapadera a la mafia. Salvatore tiene buenas referencias de Monk y está dispuesto a triplicar sus honorarios si encuentra al culpable de la masacre. Monk no quiere ayudarle pero ante una amenaza de Salvatore y la intervención policial decide ayudar en el caso.

06. El Sr. Monk y la pastorcilla
Monk acompaña a Sharona al banco tras perder su cartera, pero no quiere entrar porque le da miedo el aparcamiento. Tras aparcar nota la presencia de alguien y cuando está dispuesta a volver a su coche e huir un hombre ensangrentado con un cuchillo clavado en la en el pecho y un destornillador en la cabeza le dice que Douglas está preocupado por ella. Cuando Monk acude en su ayuda no logra ver al hombre apuñalado y más tarde la policía tampoco encuentra ningún tipo de prueba. Sharona cree que el Douglas del que hablo el hombre era su padre que lleva 20 años muerto. Monk cree que puede haber algo de verdad y no sólo imaginaciones de su enfermera como cree Stottlemeyer aunque cree que unas vacaciones como le sugiere el capitán pueden ser una buena idea.
Un día antes de regresar de vacaciones Monk se queda al cuidado de Benjy mientras su madre acude a unas clases. Pero lo que iba ser una clase relajada se convierte en un problema cuando la profesora le asegura que no entregó un trabajo que Sharona está segura de haber entregado y a la salida se complica más la situación cuando en una gasolinera repostando vuelve a ver al hombre del cuchillo clavado. Sharona comienza a dudar de su propia cordura.

07. El Sr. Monk y el empleado del mes
Edna Coruthers (Maree Cheatham), la empleada más reconocida, empleada del mes durante once meses consecutivos, de un gran centro comercial llamado Mega-Mart acude a su trabajo como suele hacer a diario para abrir al público. Al llegar a su taquilla se encuentra con una nota del señor Donovan (Patrick Thomas O'Brien) en la que le pide que se reúna con el en la zona de carga tan pronto pueda cosa que hace con inmediatez. Al llegar allí el lugar parece desierto pero ella parece reconocer a una persona que la ataca con una de las maquinas matándola al tirarle una caja encima que contenía un televisión plana.
La policía cree que se trata de un accidente laboral mientras Edna comprobaba la entrega para un cliente ya que no encuentran indicios de asesinato y el gerente les asegura que se trataba de una empleada modelo muy trabajadora. Monk y Sharona acuden ante la llamada del guardia jurado del centro que resulta ser un ex policía llamado Joe Christie (Enrico Colantoni). Joe había sido echado de la policía tras robar 2 kilos de cocaína pura situación a raíz de la cual murieron dos compañeros, además Monk lo conoce ya que fue su compañero cuando él mismo dejo el cuerpo siendo Joe ascendido a jefe de estupefacientes y poco después ocurrir lo de la droga. Ni él ni Stottlemeyer quieren tener relación con Joe, pero tras interrogarlo Disher descubren que el ex policía no cree que se trate de una muerte accidental ya que Edna nunca ocurría a la zona de carga por su alergia al polvo y el propio Joe había encontrado un tacón roto de la victima a 13 metros de su cuerpo. Además el centro había recibido 3 quejas anónimas contra Edna por carta.

08. El Sr. Monk y el programa concurso
Roddy Lankman (John Michael Higgins), el presentador de un programa concurso de televisión habla con su ayudante, Lizzie Talvo (Lisa Sheridan), sobre un apaño que ha hecho en el concurso por culpa de sus deudas. Lizzie quiere contárselo al productor pero Roddy le pide que le deje un día de margen para despedirse y poder salir del programa de una manera digna. Pero cuando el programa se emite y ve como Roddy, lejos de dejar el trabajo, ha renovado contrato por cinco años más, Lizzie acude ha hablar con la producción pero muere en un accidente de coche como consecuencia de que su jefe ha roto los frenos y también se ha encargado de cambiar la cinta de vídeo que tenía como prueba en un despiste de la chica.
Mientras Sharona está en Nueva Jersey visitando a su madre que se encuentra convaleciente, Monk queda al cuidado toda la semana de su vecino Kevin Dorfman (Jarrad Paul). Monk no puede soportarlo pero su situación se complica con la llegada de su suegro, el padre de Trudy, Dwight Ellison (Bob Gunton), por el que siente un gran aprecio pero quien le invita a ir con él a Los Ángeles donde produce un programa concurso llamado “El cofre del tesoro” presentado por Roddy Lankman que está teniendo problemas ya que cree que uno de los concursantes hace trampas. Además es una forma de que Monk vea de nuevo a la madre de Trudy, Marcia (Rosemary Forsyth).

09. El Sr. Monk se toma su medicina
Mientras el capitán Stottlemeyer, Disher y un par de agentes están en plena calle llevando a cabo una detención sin importancia son tiroteados desde un coche en marcha. Stottlemeyer es herido en un hombro y permanece inconsciente ante la angustia de Dishe. Mientras Monk está en la consulta del doctor Kroger porque se siente angustiado por ser tan distinto a los demás y no poder ser una persona normal por culpa de sus fobias. Kroger cree que debería probar una nueva droga que pueda ayudarle pero Monk es muy reacio a tomarlas aunque finalmente se las lleva a casa cuando Sharona aparece para contarle lo sucedido con el capitán.
Stottlemeyer se recupera en el hospital pero Monk se siente tan angustiado que tras “hablar” con su mujer de lo que le ocurre se toma la medicación y se libera de sus fobias.

10. El Sr. Monk y la pista falsa
Monk trata de explicarle al doctor Kroger que aunque Sharona ha vuelto a casarse con su ex marido, ha vendido su casa y se ha marchado a New Jersey no se ha ido definitivamente. El médico trata de explicarle que aunque para él era algo más que una enfermera debe salir adelante y buscarse una nueva ayudante. Por ello comienza a tener entrevistas con las distintas aspirantes aunque ninguna le convence.
Mientras Stottlemeye y Disher interrogan a Natalie Teeger (Traylor Howard), una mujer que tras entrar un asaltante en su casa se defendió clavándole unas tijeras. Como resultado el asaltante, un hombre desconocido murió. Natalie es una viuda cuyo marido que era piloto de la marina habia muerto hacia seis años y tiene una hija de once años. Además del muerto, ella afirma que unos días antes otro hombre quiso entrar en la casa fingiendo ir a mirar el contador. Stottlemeye le explica que tienen una persona que podría ayudarles a resolver el caso, Monk, pero que en esos momentos tienen un problema personal por lo que el capitán cree que a menos que la propia Natalie se lo pida no podrán llamarlo para que les ayude.
Natalie acude a casa de Monk para hablar con él sobre su caso, pero lo primero que hace es salvarlo de un mini incendio que lo traía por la calle de la amargura. Cuando Monk se da cuenta que Natalie no es una nueva aspirante sino una clienta no quiere ayudarla porque echa de menos a Sharona, pero cuando ella le explica su caso decide echarle una mano.

11. El Sr. Monk contra la cobra
John Ricca (Harry Groener) es el autor de una biografía, “Cobra de papel”, sobre la superestrella de las artes marciales Sonny Chow ("the Cobra") muerto seis años antes. No se trata de una obra que deje bien parada a la estrella ya que en ella se afirma que muchas de las acrobacias que se hacían en sus películas eran realizadas realmente por especialistas. También se afirma que era adicto a la morfina y que esa fue la causa de su muerte y no una hemorragia cerebral como dijo el estudio. Ricca también asegura en una entrevista que a pesar de los rumores Sonny Chow si está muerto y no simplemente desaparecido para eludir al cartel de la droga de Hong Kong.
Pero tras ver su propia entrevista en la televisión Ricca es asesinado por un hombre vestido de ninja.

12. El Sr. Monk se agobia
Mientras Monk espera en el coche a que Natalie recoja a su hija Julie (Emmy Clarke) de su academia de baile ve una antena en un coche torcida y no puede resistir la tentación de bajarse y enderezarla a pesar de que Natalie le había prohibido hacerlo. Cuando la antena se rompe por la presión Monk oye un disparo y ve como un hombre de aspecto asiático dispara sobre otro. El asesino ha visto al detective pero ante el ruido de sirenas policiales huye tras amenazarlo.
El FBI mete entonces a Monk en un programa de protecion de testigos y lo aloja en una cabaña en el bosque, ya que como el agente Grooms (Josh Stamberg) le explica a Stottlemeyer Tommy Win (Ron Yuan), el asesino, ya ha matado antes a dos testigos federales. Natalie y Stottlemeyer acompañan a Grooms los 6 días, en la cabaña del bosque, para cuidar de Monk hasta que declare al lunes siguiente. Una mañana, se despierta súbitamente tras oír el grito de un hombre aunque no sabe que le ha ocurrido.

13. El Sr. Monk y el atasco
En una zona deshabitada que se encuentra en obras pero que en esos momentos están paralizadas dos hombres tienen una reunión. El más joven, Steve Marriott (Matt Champagne), ha interpuesto una demanda contra Ray Galardi (Jay Acovone) por perjudicar el medioambiente por las obras que se están haciendo en esa zona que perjudican a un tipo raro de serpientes. Como Steve no parece querer hacer un trato, Ray le golpea con un hierro de tal forma que parezca que se ha golpeado con el volante.
Monk, Natalie y Julie regresan en el coche de ver un partido de hockey sobre hierba cuando se ven inmersos en un gran atasco provocado por un accidente múltiple. Monk comienza a sospechar que el primer vehículo accidentado no sufrió realmente un accidente provocando la muerte del conductor sino que esté ya estaba muerto al provocar la colisión.

14. El Sr. Monk se va a Las Vegas
Daniel Thorn (James Brolin) está a punto de acudir a un evento benéfico acompañado de su mujer Sheryl (Challen Cates) pero cuando llegan al hall del hotel y delante de público y periodistas Sheryl se da cuenta que se han olvidado de las entradas en la habitación por lo que regresa por ellas. Cuando sube de nuevo en el ascensor su foulard se queda enganchada en la puerta y Sheryl muere asfixiada.
Monk recibe una llamada de un capitán Stottlemeyer totalmente borracho que le habla de un asesinato ocurrido en Las Vegas, lugar donde se encuentra ya que ha ido a una despedida de soltero. Stottlemeyer le asegura que ha resuelto el caso y que está convencido de que Daniel Thorn asesinó a su mujer, pero quiere que Monk vaya a Las Vegas para darle una segunda opinión. Monk decide ir con Natalie que conoce bien la ciudad ya que fue croupier de blackjack durante 2 años.

15. El Sr. Monk y las elecciones
Natalie se presenta al consejo escolar en su distrito por lo que está haciendo campaña ya que cree que salvar el colegio de su hija es un tema muy importante. Pero mientras Natalie habla con el hombre que ha de reparar el ordenador, fax y fotocopiadora que compró en una subasta de la policía y Monk se pregunta quien va cuidar de él si ella gana, alguien desde el otro lado de la calle les dispara matando a un guardia de seguridad y dejando a los demás muerto de miedo.
El primer sospechoso es el otro candidato en las elecciones pero Monk no ve nada claro el caso.

16. El Sr. Monk y el niño
Tommy (Preston Shores) es un niño de 22 meses que se ha perdido en el parque mientras estaba jugando al cuidado de su tutora, Janet Novak (Nicole Sullivan), ya que vive en una casa de acogida, pero al que la policía encuentra a los 14 minutos. En las manos de Tommy encuentran un dedo de un cadáver recién amputado aunque no saben de donde lo ha sacado y donde puede estar el resto del cuerpo por lo que el capitán Leland Stottlemeyer llama a Monk para que le ayude a localizar el cuerpo.
Monk y el pequeño Tommy parecen hacer muy buenas migas y el pequeño pronto se encariña con el detective y a este le pasa lo mismo. No logran encontrar el resto del cuerpo y la única pista que tienen es la información que les aporta el forense del dedo, un meñique izquierdo, que asegura es de un varón blanco de alrededor de 25 años al que le apuntaron el dedo a primera hora de la mañana con un instrumento de jardinería que bien pudiera ser unas tijeras de podar.