Temporada 1

01. Árboles de cristal (1ª parte)
La serie comienza en mitad del Océano Atlántico, donde la tripulación de un carguero pasa las horas muertas jugando al ping-pong. Todo transcurre con normalidad hasta que una luz brillante y ruidos extraños acaparan la atención de los marineros.
Entretanto, la doctora Molly Caffrey se encuentra en la ciudad paseando a su perro cuando un helicóptero aterriza allí mismo y el agente especial Cavennaugh sale a su encuentro y le pide que le acompañe. "Acaba de convertirse en la persona más importante del planeta", le dice.
En las dependencias de la Agencia de Seguridad Nacional, el consejero J.T. Baylock le explica el incidente del carguero, donde los tripulantes han aparecido muertos, aparentemente atacados por una bacteria o algún agente similar de origen desconocido. Baylock le informa que ha de poner en marcha la "Operación Threshold", cuyo primer paso consiste en reclutar a un grupo de expertos que investigue el suceso, ya que existen sospechas de que podría tratarse de un ataque extraterrestre.

02. Árboles de cristal (2ª parte)
La doctora Caffrey se encuentra en su casa cuando Gunneson, el único superviviente del carguero expuesto a la señal alienígena, aparece repentinamente y trata de atacarla. El intruso comienza a decir palabras indescifrables en tono amenazador, pero ella consigue tenderle una trampa y reducirle. Mientras tanto, Nigel descubre que los afectados por la señal experimentaron extrañas mutaciones en la secuencia de ADN y comienza a investigar los cambios sufridos en otras criaturas afectadas, como cucarachas y ratas. Pronto descubre que una de las consecuencias más relevantes es que todas ellas han experimentado un desarrollo anormal de su fuerza física.

03. Sangre de niños
Un hombre muere en un restaurante al explotarle la cabeza, posiblemente por los efectos causados por la señal alienígena. La doctora Caffrey, que al igual que otros miembros del equipo continúa teniendo extraños sueños, investiga con Baylock la identidad del sujeto.
En un primer momento piensan que podría tratarse de uno de los miembros desaparecidos de la tripulación del Big Horn. Pero, tras contrastar varios testimonios, concluyen que se trata de un residente local procedente de una academia militar y deciden continuar la investigación haciéndose pasar por oficiales del ejército.
Pronto descubren que algunos compañeros de la víctima tratan de encubrir algún acontecimiento relacionado con un vuelo que maniobró cerca del barco carguero el día que fue atacado por los extraterrestres.

04. El incendio
Un paciente de un hospital psiquiátrico escapa atravesando una verja de alta tensión. Cuando la doctora Caffrey se traslada al centro para investigar las circunstancias del suceso, observa dibujos en las paredes de la celda del fugado que reproducen bosques de árboles de cristal iguales a los que ven en sueños algunos miembros del ‘Equipo rojo’. A medida que avanza la investigación crecen las sospechas de que uno de los tripulantes desaparecidos del Big Horn podría estar implicado en la fuga.

05. Shock
Un agente de policía muere a manos de un tripulante del Big Horn durante una redada. Molly y Cavennaugh comienzan a investigar haciéndose pasar por agentes de Seguridad Nacional, sin saber que la propia institución está trabajando en el asunto.

06. El pulso
El 'Equipo rojo' viaja hasta Miami al sospechar que la señal alienígena se ha infiltrado en la música durante una fiesta. La doctora Caffrey ordena que se investigue a todos los asistentes para comprobar si han sido infectados. El testimonio de un testigo les pone en la pista de uno de los DJ’s, que ha desaparecido tras mostrar un extraño comportamiento.

07. La orden
Baylock encuentra un pequeño artículo en el periódico que hace referencia a la “Operación Threshold”. Cuando investigan la procedencia de la filtración, concluyen que podría haber salido de algún miembro del 'Equipo rojo'. Mientras tanto, la emisora de radio de una pequeña localidad de Rhode Island recibe varias llamadas de vecinos que han tenido sueños en los qua aparecen árboles de cristal.

08. Revelaciones
La doctora Caffrey y el agente Cavennaugh viajan hasta la ciudad natal de un tripulante del Big Horn, después de la desaparición de un agente que vigilaba el domicilio de la madre de éste. Allí serán testigos de extraños acontecimientos.
Mientras tanto, el resto de componentes del Equipo Rojo sospecha que los restos del buque atacado podrían estar emitiendo la señal alienígena. por lo que deciden investigar el fondo marino y comprobar el casco del barco hundido.

09. Progenie
Molly y el Equipo Rojo investigan los extraños comportamientos manifestados por tres mujeres sin conexión aparente. Una de ellas ha asesinado a su marido después de una discusión, la segunda ha muerto tras comer perritos calientes compulsivamente hasta reventar y la última ha atacado sin motivo al cajero de un banco.
A medida que avanza la investigación, los responsables de Threshold descubren un inquietante vínculo entre ellas.

10. El traslado
Uno de los agentes de seguridad que custodian a los infectados por la señal alienígena es atacado durante una inspección rutinaria de celdas. Tras el ataque, algunos de los presos intentan escapar y el Equipo Rojo decide trasladarlos a un lugar más seguro en Virginia. Mientras tanto, Fenway y Ramsey someten al agente agredido a una serie de pruebas y concluyen que ha sido infectado, aunque no consiguen esclarecer de qué manera.

11. Brote
Lucas resulta infectado a través de algún alimento. Caffrey descubre entonces que los afectados por la señal han conseguido contaminar toda una cosecha de cereales, lo que supone un gran peligro de contagio para más de 200 personas.

12. El vigilante
El Equipo Rojo se enfrenta a cinco asesinatos en serie de otros tantos infectados por la señal alienígena. Los sofisticados métodos del asesino para localizar a sus víctimas mediante el empleo de ondas cerebrales sitúan también a Molly, Cavennaugh y Lucas en su punto de mir

13. Alienville
Molly Caffrey y Cavennaugh buscan en un pueblo llamado Alienville a un médico supuestamente infectado. Tras localizar al Dr. Graham Bolton, descubren que es tío de uno de los marineros del carguero afectados por la señal. Además, encuentran una extraña construcción que atribuyen a los extraterrestres.
Mientras, Lilly, una de las infectadas por la señal alienígena en avanzado estado de gestación, es llevada al laboratorio del Equipo Rojo custodiada por el Dr. Fenway. Tras dar a luz, el bebé es separado de la madre con el fin de evitar que sea infectado por ella, pero en un ataque de furia Lilly se libera de sus ataduras y tiene que ser reducida mediante un disparo.