Temporada 1

01. La verdad sea dicha
Sydney Bristow, en apariencia una joven y normal estudiante, es en realidad miembro de 'La Agencia', un grupo donde se forman espías de alto nivel. Sydney es sometida diariamente a rigurosos entrenamientos en artes marciales e idiomas.
'La Agencia' le prohíbe desvelar su vinculación al grupo, pero ella le confía el secreto a su amigo Danny, confesión que acarreará graves consecuencias que harán que Sydney tome la decisión de abandonar definitivamente la red.
Jack, el padre de Sydney, le hace ver que 'La Agencia' es realmente una red mundial de espías con temibles intenciones. Buscando venganza, Sydney ingresa en la CIA para convertirse en una doble agente y poder así ayudar a otros miembros a dejar 'La Agencia', decisión que en su día también fue tomada en secreto por Jack.
Música:
Give You Back: Vertical Horizon
Goin' Our Way: Gus
Here Comes the Flood (1990 Re-Recording Version): Peter Gabriel
Never Grow Old: The Cranberries
No Man's Woman: Sin?ad O'Connor
Sofisticated: Stereo MC's
Trouble: Cat Stevens
Under the Gun: Supreme Beings of Leisure
You're a God: Vertical Horizon

02. Así comienza
Sydney empieza a trabajar en la CIA y, poco después, conocerá al agente Vaughn por el que sentirá una innegable atracción.
El principal objetivo de Sydeny es destruir 'La Agencia' pero Vaughn le enseñará que 'La Agencia' es simplemente una pequeña cedula y que en realidad pertenece a un grupo superior y de ese es del que tienen que ocuparse.
Música:
Looking For A Friend: Roland Gift
This Woman's Work: Kate Bush

03. Paridad
Sloane envía a Dixon y Sidney a Madrid con la misión de robar una caja de seguridad que contiene un dibujo de lo que parece ser un código dibujado a finales del siglo XV por Milo Ramaldi. El código se compone de dos partes. La Agencia SD-6 necesita el segundo dibujo para completar el código.
Sidney descubre que Anna Espinosa, miembro de una agencia rival rusa posee la caja de seguridad. Después de una intensa riña, Sidney consigue la caja pero Anna tiene la llave para abrirla. Por este motivo, Sloane acuerda una cita entre Anna y Sidney. Cuando por fin consiguen abrir la caja, las dos agentes se horrorizan ante el ensordecedor sonido que se emite desde el interior de la caja.
Música:
Go Get It: Spookie Daly Pride
La Cienega Just Smiled: Ryan Adams
Rings a Bell: Bill Bonk
The Beginner: Miranda Lee Richards

04. Un corazón roto
Sydney logra memorizar junto con su homóloga, la espía rusa Ann, un código que posee una antigüedad de 500 años. El código completo revela una localización geográfica que le lleva a una iglesia en Málaga donde Ann y Sydney coincidieron hace mucho tiempo como rivales. Por su condición de doble agente, Sydney se ve envuelta en una nueva peligrosa misión ya que debe proporcionarle el código secreto al SD-6.
Dixon y Sydney viajan a Casablanca para investigar el complot que pretende eliminar la Organización de Comercio Unido (OCU). Allí la agente se hace pasar por una turista canadiense de habla francesa.
Más tarde, ambos agentes viajan a Sao Paolo, ciudad en la que se celebra una conferencia de la OCU y que tiene como invitado de honor al Premio Nobel de la Paz, Dhiren Patel. En Brasil, Sydney tendrá que evitar la explosión de una pequeña bomba que el Nobel tiene instalada en su marcapasos.
Música:
Angel: Sarah McLachlan
Halfway Home: Bill Bonk
If I Was an Angel: Nina Storey

05. El doble
Sydney logra escapar de los guardaespaldas de Sawari que quieren atraparla porque ha presenciado cómo un equipo sanitario implanta una bomba en el marcapasos de un orador. Dixon roba una ambulancia y, mientras son perseguidos, intenta extraer el dispositivo explosivo. Lamentablemente, Jacbnoud lo activa antes de que pueda terminar la intervención.
Will, el amigo de Sydney que investiga la muerte de Danny, ha descubierto que el vuelo no viajaba a Hong Kong sino a Singapur. Además, Kate Jones, la mujer que se sentaba a su lado, tampoco se subió a dicho avión. Will se cita con la misteriosa joven, que admite que mantuvo un romance con Danny. Para sorpresa de ella, Will la informa de que, según la seguridad social, lleva muerta desde 1973.
Música:
Get Down Massive: The Freestylers
I'm Wrong About Everything: John Wesley Harding
Trans Am: Leroy

06. Ajuste de cuentas
Sydney está aturdida tras conocer la muerte de cuatro agentes de la CIA en una explosión. Además se entera de que su padre, Jack, no trabajará más tiempo a su lado en el SD-6 y que el accidente que causó la muerte de su madre estaba relacionado con la actividad como espía de su padre. Por todo ello, comienza a sospechar de las intenciones de Jack y pide consejo a Michael, que es la única persona que la puede escuchar. Marshall descubre que la red informática de la CIA tiene una infiltración. Mientras Francie vuelve a quedar con su novio y descubrirá para su tranquilidad que sus intenciones que no tienen nada que ver con lo que ella creía. Por otro lado, Will descubre la identidad de la mujer que declaró haber conocido a Danny antes de su muerte.
Música:
Be Still My Soul: Lisbeth Scott
Going, Going, Gone: Stars
Tornado: Garbage
Zero Hours a Week: Huffamoose

07. Daltónico
Sydney es secuestrada en un psiquiátrico de Bucarest, Rumanía, tras encontrar a otro agente del SD-6 muerto. Los secuestradores quieren interrogarla para saber si recibió información de un hombre, Shepard, que está interno en el psiquiátrico con un cuadro de amnesia que le impide recordar su pasado. Sydney intenta que Shepard colabore con ella para huir y así lograr la información que necesita para la misión. Pronto descubrirá que este hombre está relacionado con un hecho importante de su vida. Por otra parte, Jack se sincera con su hija y le explica su verdadera implicación con la muerte de su madre hace veinte años. Mientras en Los Ángeles, Will sigue investigando la muerte de Danny y descubre que hay otro asesinato relacionado e intenta que este caso sea publicado, aunque tendrá cierta oposición de su jefa. Y a la vuelta a casa de Sydney, Francie tiene preparada la cena de Acción de Gracias, para celebrarlo juntas.
Música:
Everything's All Right: Jude
Not in this life: Natalie Merchant
The Wait: Pretenders

08. El tiempo dirá
Sydney viaja a la universidad de Oxford tras la pista de otro de los misteriosos inventos de Rambaldi. Un extraño reloj que es una pista más de su rompecabezas, para conseguirlo tendrá que enfrentarse con Ana Espinosa que también esta en Oxford. Los problemas de Sydney no terminan con Ana. Sloan ha colocado a un agente para que la vigile y controle. El SD6 sabe que tiene un topo entre sus filas y encontrarlo es prioritario para la división de seguridad. Sydney tiene que enfrentarse a un sofisticado detector de mentiras para convencer a Sloan de que ella no es el agente doble. El agente Vaughn de la CIA ayuda a Sydney a superar el detector de mentiras pero no consigue disipar todas las sospechas que sobre ella existen. Un exploración meticulosa del reloj de Rambaldi revela que combinándolo con otro de los objetos rescatados por Sydney muestra una carta astral de un determinado lugar a una hora precisa. Ese lugar es una montaña entre Argentina y Chile. Sydney viaja con Dixon para investigar el lugar pero allí les está esperando Ana.
Música:
Edge of the Ocean: Ivy

09. Mea culpa
Ana irrumpe en la operación de Argentina sorprendiendo a Dixon y a Sydney. Ana desparece con el diario de Rambaldi dejando a Dixon herido, Sydney consigue salir del pozo y cuando encuentra a Dixon herido no tiene otro remedio que pedir ayuda a la CIA aunque esté en una misión del SD6. Sydney trata de encubrir el rescate de la CIA pero en el SD6 desconfían de ella aunque superara el detector de mentiras. Sloan decide enviar a Sydney a la Toscana, quiere tender una trampa para descubrirla: filtra a la CIA una orden de ejecución contra ella para que estos intervengan, pero Jack, el padre de Sydney conoce demasiado bien a Sloan como para dejarse engañar. Tras Toscana Sydney viaja a Ginebra a retirar unos fondos en una misión del SD6, la contra-misión de la CIA es que lleve un trasmisor indetectable que no conseguirá serlo para el SD6.
Música:
Diggin' Your Scene: Smash Mouth
Out of Order: Duncan Sheik
Sacred Way: Munkafust

10. Espíritu
El SD6 trata de minimizar los riesgos tras la filtración del agente doble. Retienen a Sydney para torturarla e interrogarla. Sloan hace creer a Sydney que su compañero Russeck también es sospechoso de ser un agente doble, Sloan espera que Sydney ante el sufrimiento de un compañero se desplome y confiese todos los datos que le ha dado a la CIA. Jack Bristow tiene que actuar nada más enterarse de la situación de su hija. Sin posibilidad de que la CIA le ayude logra por sus propios medios salvar a su hija. Sydney con la confianza ganada de nuevo frente a Sloan. La nueva misión de Sydney es viajar a Kenia para descubrir la nueva identidad de Hassan, un traficante de armas. Jack debe viajar a Cuba para encontrarse con Hassan y matarlo, pero esa es la misión del SD6, la CIA lo quiere vivo para conseguir su lista de clientes.
Música:
Domino: Thunderball
Love Grows (Where My Rosemary Goes): Freedy Johnston
Santa's Dilemma: Klyph Black

11. La confesión
Vaughn se reencuentra con Sydney después de la misión de Cuba y le comunica que ha descifrado el código Cyrillic gracias a unos libros que pertenecían a su madre. El código fue escrito por la KGB y contenía los nombres de agentes de la CIA que fueron asesinados.
Vaughn y Sydney están convencidos de que Jack colabora con la KGB, pero Sidney tendrá que viajar a Grecia para obtener más información. Poco después, Vaughn confiesa a Sydney que entre los agentes de la CIA asesinados se encontraba su propio padre. Sydney se encuentra confundida y trastornada, y busca la calidez del abrazo de Will Tippin.
Por otra parte, Hassan informa a Vaughn que el paquete que están buscando está escondido en un almacén de misiles abandonado en la isla de Creta.
Música:
Someone to Watch over Me: Sting
Through the Eyes of a Scorpion: DJ Teebee

12. La caja (Parte I)
Un nuevo grupo de espías consigue introducirse en el SD-6, saltándose los sistemas de seguridad, y gracias al armamento que poseen se hacen con el control del edificio. Cuando Sydney entra en el SD-6 se encuentra con Jacks en el ascensor, quien aprovecha la situación para advertir a Sydney de que Sloane está planeando matarla si en algún momento intenta huir de la organización. Mientras mantienen esta conversación, el ascensor se detiene bruscamente. Cuando escuchan las alarmas en todo el edificio se dan cuenta de que esto sólo puede significar una cosa: alguien ha irrumpido en el edificio.
Sydney y Jack consiguen escapar del ascensor y cuando llegan al sótano del edificio descubren que los intrusos han capturado a un importante número de rehenes. Entre ellos se encuentra Sloane.
Personaje invitado: Quentin Tarantino
Música:
Bad Girls Go to Hell: Oscillatios
Dragula (Si Non Oscillas, Noli Tintinnare): Rob Zombie
How Can I Keep from Singing?: Enya

13. La caja (Parte II)
Sydney descubre una carta escrita por su padre en la que le advierte de la caótica situación que se le avecina. Después de que Sloane active la alarma de seguridad y se abra el sótano SD, se desencadenará una fuerte explosión. Sydney debe desactivar tres cargadores antes de que los intrusos puedan averiguar el código de seguridad del sótano y se produzca la detonación.
Por otro lado, los intrusos toman a Dixon como rehén, pero éste consigue despistarles y ponerse en contacto con la CIA, explicado el peligro que corre. Vaught recibe el mensaje de Dixon y, en contra de lo que dictan las órdenes oficiales, decide ir a ayudarle. En el SD-6 se reúne con Sydney y juntos consiguen desactivar el primer cargador. A continuación, se dividen para inutilizar los dos cargadores que aún están escondidos.
Personaje invitado: Quentin Tarantino
Música:
Rockaway: Jesse Harris & The Ferdinandos
Songbird: Fleetwood Mac

14. El golpe
La nueva misión de Sydney y Dixon les conduce hasta la ciudad de Las Vegas, donde deberán infiltrar, en secreto, un mecanismo con el que espiar a uno de los agentes del K-Directorate. Pero antes de marcharse, Sydney descubre que Charlie, su prometido, y su compañera de piso, Francie, han mantenido una relación amorosa al mismo tiempo que ella salía con Charlie. Descubrir esto repercutirá en la nueva misión de la agente.
Por su parte Sloane, haciendo uso de un micrófono oculto, ha descubierto el lugar exacto en el que se encuentra el K-Dictorate y envía a Sydney y a Dixon a Rusia para que espíen a dichos grupos. Sydney acepta la proposición, sabiendo de antemano que hará todo lo posible para transmitir la información a Vaughn.
Música:
Green Apples: Chantal Kreviazuk
Shoot the Moon: Norah Jones

15. La página 47
Tras llegar al SD-6 con el vídeo en el que aparece registrado el encuentro entre Mr.Sark y K-Directorate, la siguiente misión de Sydney y Dixon les conduce a Túnez. Allí deberán recuperar el manuscrito Rambaldi para que no llegue a manos de Sark.
Sydney accede al yate en el que se encuentra escondido el manuscrito y, tras dominar a los agentes del K-Directorate, consigue hacerse con el manuscrito Rambaldi.
Al regresar, Vaughn, conocedor de la buena relación que existe entre Sydney y Emily, la mujer de Sloane, plantea a la agente que utilice dicha relación para entrar en casa de Sloane y colocar un micrófono. Sydney, a pesar de sentirse incómoda con la idea de aprovecharse de ella, decide aceptar la proposición.
Personaje invitado: Amy Irving
Música:
Feelin' the Same Way: Norah Jones
Home: Abra Moore
Landslide: Smashing Pumpkins
No Such Thing: John Mayer

16. La profecía
En su regreso, Sydney es detenida por el DSR, ya que la Agencia Nacional de Seguridad, que se encarga de los temas relacionados con fenómenos paranormales, está intentado encontrar una explicación a la aparición de la imagen de Sydney en la página 47 del código Rambaldi.
Por otro lado, Sydney está siendo sometida a un importante número de test psicológicos por parte del DSR y ahora quieren obligarle a realizar otros tantos de carácter físico. Ella se niega a hacerlos y se escapa del centro, desafiando a los agentes del DSR.
Más tarde, Jack descubre que los agentes del DSR no tienen el código original para descifrar el código Rambaldi, puesto que dicho código se encuentra escondido en la sede del Vaticano. A pesar de ser una misión peligrosa, Sydney convence a Vaughn para que, junto a ella, se introduzca en su interior.
Personaje invitado: Roger Moore y Amy Irving
Música:
Feels Like Home: Hathaway
From Rusholme With Love: Mint Royale
Hate to Say I Told You So: The Hives
World Gone Mad: Bill Bonk

17. Pregunta y respuesta
El oficial Kendall y el resto de su equipo del FBI retienen a Sydney para interrogarle. Su objetivo es obtener información sobre su pasado y su relación con la profecía Rambaldi. Sydney, presionada por los agentes, se ve en la obligación de confesar cómo entró a formar parte del SD-6 tras su entrenamiento en el Credit Dauphine. Explica, también, cómo descubrió la verdad sobre el SD-6 gracias a su padre, algo que le llevó a unirse con la CIA y que le convirtió en un agente doble.
Por su parte, Jack advierte a Vaughn de que Sydney perderá la protección que ahora tiene, por parte del SD-6, si permanece demasiado tiempo retenida por los miembros del FBI. Jack elabora entonces un plan para liberarla y demostrar su inocencia.
Música:
Diggin' Your Scene: Smash Mouth

18. Mascarada
El padre de Sydney le dice a ésta que cree que su madre aún está viva. Ahora Sydney está determinada a encontrarla y decide hablar con Sloane para que le ayude, a pesar de la oposición de su padre. Mientras el SD-6 encarga a Sydney una investigación sobre un agente de la KGB, Khasinau, y recuperar un microchip con información relevante. En esta misión Sydney se encuentra con su ex-novio Noah Hicks, también agente del SD-6. Por otra parte, WIll se prepara para recibir un premio por su trabajo. Y Francie comienza a dudar sobre las actividades de Sydney.
Música:
Break Me Gently: Doves
Dream On: Depeche Mode
Lay Your Weary Body Down: Gigolo Aunts
Plus Bele Que Flor: Anonymous 4

19. El hombre de nieve
La CIA descubre que el Directorio K ha contratado a un asesino a sueldo para que se encargue de Kashinau, ya que Shark, el asesino del jefe del Directorio K, trabajaba para él. La relación entre Noah y Sydney sigue en marcha y él quiere dejar el SD 6 y huir con Sydney a un lugar donde no puedan encontrarlos. El Chip electrónico rescatado de Rusia revela nuevos datos sobre la madre de Sydney, Irina, una agente encubierta soviética con una misión: Ganarse la confianza de Jack Bristow y sonsacarle toda la información posible. La prioridad de La CIA y el SD 6 es hallar a Kashinau esté dónde esté, pero un asesino, el temible "Hombre de Nieve", puede llegar antes que ellos.
Música:
From The Summer: Matt Beckler
Lover, You Should've Come Over: Jeff Buckley
My Favorite Regret: Gigolo Aunts
Ready, Steady, Go: Paul Oakenfold
There's Something Better: Hathaway

20. La solución
Sydney descubre trágicamente que la identidad que se esconde tras el "Hombre de Nieve" no es otra que la de su compañero Noah. Kashinau no ha muerto y continúa siendo un objetivo prioritario de la CIA. El agente Vaughn y Sydney urden una trampa para hacer que Kashinau se acerque a ellos pero lo operación se complica cunado el SD 6 descubre el plan. La enfermedad de Emily, la esposa de Sloan, parece en su fase Terminal. Los médicos estiman que le quedan pocas semanas de vida y a Sloan le está afectado el proceso. En un momento de sinceridad, Emily, revela a Sydney que conoce el verdadero trabajo de su marido. La sección de seguridad debe intervenir siguiendo el protocolo.
Personaje invitado: Amy Irving
Música:
Coming Down: Trickside
I'm Gone: Alison Krauss & Union Station

21. El encuentro
La operación de la CIA para capturar a Shark es abortada por el SD 6. Vaughn desobedece las órdenes por salvar a Sydney y su acción hace que Shark caiga en manos del SD 6. Sloan está centrando todos sus esfuerzos por salvar a su mujer y amenaza con dejar la organización si su mujer es asesinada. El SD 6 utiliza a Shark para tender una trampa a Kashinau, Sydney y Dixon viajan a París para capturarlo pero la operación sufre un importante imprevisto. Will recibe una misteriosa llamada de teléfono que le informa que su secuestrador fue Jack Bristow.
Personaje invitado: Amy Irving
Música:
Autumn Leaves: Jacintha
Just Like You: Maren Ord
Since I Fell for You: Nina Simone

22. Casi treinta años
La vida de Will está en peligro. Kashinau le tiene en su poder y no dudará en usar las torturas más crueles para que confiese. Sydney recibe una llamada de Shark: Si quiere volver a ver con vida a Will debe entregar a cambio la página y el líquido de Rambaldi en poder de la CIA y el SD 6. Jack y Sydney organizan una complicada operación para rescatar de un laboratorio del SD 6 la página 47 de Rambaldi, y de los almacenes de la CIA el líquido necesario para leerla. Dixon desconfía del comportamiento de Sydney y cree que está traicionando a su causa, Sydney no puede contarle la verdad por el momento y teme que la denuncie ante la división de seguridad.Will ha sido herido y secuestrado por Shark, quien quiere proceder a interrogarle. Sydney recibe una llamada de Shark proponiendo un intercambio.
Personaje invitado: Amy Irving, Lena Olin
Música:
Canzone: Miriam Gauci
Music: Response: The Chemical Brothers
My Skin: Natalie Merchant
Supermoves: Overseer