Temporada 2

01. El despertar, primera parte
02. El despertar, segunda parte
Un año después de que los sucesos en la playa revelaran que los 4.400 fueron tomados y devueltos por seres humanos del futuro, el mundo es un lugar muy diferente.
Tras haberse sometido a una intensa observación médica, Tom regresa a Seguridad Homeland pero sus funciones se ven limitadas solamente a labores de despacho. Sus ansias por regresar al trabajo de campo junto a Diana son cada vez mayores. Kyle, su hijo, también ha permanecido en observación, pero a pesar del intenso estudio y de los numerosos tests realizados, no se ha podido descubrir ninguna información nueva y reveladora.
Diana, tras haber colaborado con un gran número de compañeros muy poco competentes, finalmente consigue que Tom regrese a su antigua labor. En su vida personal, la investigadora ha conseguido adoptar a Maia, que continúa con sus premoniciones.
Mientras, Richard, Lily y el bebé, que aunque solamente tiene seis meses ya puede observarse que no es una niña corriente, continúan viviendo escondidos en la montaña, lejos de Jordan Collier. Éste, ha abierto “Los centros de los 4.400”, lugares en los viven algunos de los regresado y personas normales quieren descubrir a los 4.400 tal como son.
Con un mundo lleno de gente tremendamente curiosa acerca de todo lo que rodea a los 4.400, los rumores sobres sus misteriosos poderes crecen día a día y la opinión pública se divide entre los que los acogen y ayudan y los que les temen.
Ellos, mientras, han tratado de reconstruir su vida anterior pero cada uno ha regresado para jugar un papel fundamental en acontecimientos que todavía están por llegar... y que serán parte importante del destino de la raza humana...

03. Voces de la mente
Gary Navarro, un jugador de baseball "regresado" tras 30 años de ausencia, pide ayuda a Seguridad Homeland cuando su poder para leer los pensamientos de los demás, le están llevando al borde de la locura. Los investigadores, en cambio, están más interesados en aprovechar esta habilidad de Gary para llegar hasta Collier, que en ayudarle a que recupere su vida normal.
Tom, ocupado en su trabajo la mayoría del tiempo, abandona sus deberes como padre. Mientras, Kyle parece que recupera la normalidad comenzando una relación sentimental.
Diana recibe la inesperada visita de su hermana pequeña, April y Richard, Lily e Isabelle continúan su vida huyendo del peligro del fanático religioso.

04. El peso del mundo
Después de 16 años de ausencia, cuando Trent Appelbaum regresa, se encuentra con que su mujer ha muerto dejando a su hija con una gran cantidad de deudas económicas. Pero su suerte cambia pronto cuando, accidentalmente, descubre su capacidad para acelerar la pérdida de peso. Pronto, cientos de empresas llaman a su puerta para explotar esta habilidad que termina resultando mortal para quien la utiliza.
Mientras, Richard, Lily e Isabelle encuentran un respiro a su permanente huída en casa de otro de los 4.400.
En “El centro de los 4.400”, un artista de música pop, se une a la causa de Collier.

05. Sufren los niños
Heather Tobey, una profesora desaparecida durante 30 años, ha desarrollado la capacidad de despertar en algunos estudiantes un enorme talento para el arte y la música. La mayoría de los padres están encantados con ella pero una minoría ven esta habilidad como peligrosa para los niños. Este grupo acusa a la profesora de abuso para provocar que sea expulsada del colegio.
Mientras, Richard es arrestado por la policía pero recibe la inesperada ayuda de Jordan Collier.
Por último, Shawn se relaciona con un grupo de jóvenes sin hogar y Kyle tiene, cada vez más a menudo, ataques de pánico.

06. Lo que el destino depara
Diana informa en Seguridad Homeland de que Maia ha tenido una visión en la que Jordan Collier es asesinado. Mientras los agentes buscan al potencial asesino, los problemas de Tom en casa se agravan ya que Kyle sufre cada vez con más frecuencia ataques de pánico.
Por otra parte, Lily se reúne con su hija Heidi. Cuando ésta le presenta a su nueva hermana, Isabelle, parece claro que a la pequeña no le agrada la idea de que su hermanastra entre en su vida.
Shawn lleva a una de la chicas de la calle, Liv, al 'Centro de los 4.400' para intentar que lleve una vida mejor.
Seguridad Homeland exige que Diana entregue el diario de predicciones de Maia.

07. Vida interrumpida
Tom Baldwin despierta un día y se encuentra que todo es diferente. Tiene una nueva esposa, su hijo Kyle estudia medicina y, lo más inquietante de todo, nadie ha oído hablar de los 4400. Excepto que sigue trabajando en Seguridad Homeland con Diana, nada más en su vida se parece a su mundo 24 horas antes.
Su mujer, Alana, resulta ser una de los 4400 y al parecer, todo es una recreación de los futuristas. Tom debe elegir entre quedarse en esta vida perfecta o volver a la anterior, donde un futuro incierto depende él.

08. Portadora
Tom y Diana se acercan a una pequeña ciudad donde todos sus habitantes han muerto. Allí encuentran a Jean DeLynn Baker, una más de los 4400 que posee extrañas habilidades. Jean puede hacer que sus manos creen unas esporas tóxicas que, según ella piensa, no son malas, sino todo lo contrario. Con ellas, puede purificar la humanidad.
Mientras, Matthew Ross se une al 'Centro de los 4400' como consejero de Shawn, que se ha visto desbordado por miles de cartas después de que sus poderes de curación se hicieran públicos.
Lily trata de que Isabelle se tranquilice y se adapte poco a poco a su hermanastra Heidi. Por otra parte, todavía sin saber muy bien su papel en el asesinato de Collier, Kyle regresa con Wendy.
Diana deja a Maia al cuidado de su hermana, que hace uso de sus premoniciones para su propio beneficio.

09. Renacimiento
Tom y Diana se ven envueltos en medio de un conflicto internacional cuando Edwin Mayuya, uno de los 4400 con la capacidad de sanar cromosomas en el útero, resulta ser un criminal de guerra. A pesar de todo lo bueno que Edwin ha hecho, Seguridad Homeland debe decidir si esto es suficiente razón para absolverle de los crímenes contra la humanidad de los que está acusado.
Mientras, Richard acude a una reunión de veteranos de la Guerra de Corea. Por otra parte, Shawn intenta volver a retomar el contacto con su familia

10. Oculto
NTAC sigue una serie de pistas para dar con el asesino de Jordan Collier. Tom descubre que su hijo Kyle es el asesino y se ve en la obligación de escoger entre su deber y su familia.
Mientras, en el Centro de los 4400, Danny se sientre atraido por Liv.

11. El cielo
En el día del cumpleaños de Jordan Collier, un 4400 detona una bomba en la NTAC, que hace que todos los agentes hombres vuelvan a sus instintos primarios. Para que este comportamiento no se propague, la NTAC cierra sus puertas y deja a todo el personal adentro. Ahora depende de Diana encontrar una cura para frenar la matanza antes de que sea demasiado tarde. Mientras tanto, Lily sospecha que el Centro de los 4400 tal vez tenga intenciones perversas para Isabelle; Shawn se acostumbra a ser la figura decorativa de los 4400 frente a los medios y Kyle se enfrenta a una posible relación amorosa.

12. La quinta página
Los 4400 en todo el mundo tienen enfermedades extrañas y graves. Esto lleva a los agentes Baldwin y Skouris al centro de una conspiración aterradora.
Cuando los 4400 se enferman y presentan los mismos síntomas, severos y sin motivo aparente, la NTAC ordena que se pongan en cuarentena a todos los enfermos. Para evitar el confinamiento de la cuarentena en la que estuvieron cuando volvieron aquel agosto de 2004, el Centro de los 4400 instala un refugio para sus miembros. Mientras que los 4400, escondidos, planean sus próximos pasos, los agentes Baldwin y Skouris se apuran a encontrar una cura para los enfermos… y descubren un secreto espeluznante durante esta búsqueda.

13. Los jefes de mamá
Tom y Diana encuentran la fuente de la plaga que afecta a los 4400, un descubrimiento que cambiará sus vidas.
A punto de descubrir que la NTAC está detrás de la enfermedad que afecta a los 4400, Tom y Diana se encuentran involucrados en una conspiración del gobierno para esconder la verdad. Aunque la enfermedad fue un efecto adverso inesperado de un inhibidor que se les dio en secreto a los 4400 para evitar la aparición de sus poderes especiales, es claro que la intención de la agencia es no dejar rastros, en vez de curar la enfermedad. Ahora Tom y Diana tienen que enfrentarse a su propia agencia, mientras corren contrarreloj para llegar al fondo del encubrimiento de la NTAC y para ayudar a encontrar una cura, antes de que sea demasiado tarde.