El capitán de la Andrómeda es Dylan Hunt, un guardia mayor de la nave Andrómeda Ascendante que sirvió en el ejército de la Mancomunidad de Sistemas, una democracia que llegó a abarcar varias galaxias, pero fue destruida por una feroz guerra civil al rebelarse los nietzschanos contra la Mancomunidad. Al inicio de la primera batalla, Hunt se vio acorralado por los nietzschanos, viéndose obligado a utilizar una bomba de destrucción masiva contra ellos para salvarse. Pero el sistema solar donde esto ocurría estaba habitado, por lo que no pudo hacerlo, quedando como única opción refugiarse en las cercanías agujero negro. La Andrómeda quedó atrapada con su capitán como único pasajero vivo en el horizonte de sucesos del agujero negro durante 300 años, hasta ser rescatado por la Eureka Meru, cuyo plan era venderla como chatarra. Para entonces la Mancomunidad ha desaparecido, dejando sus antiguos territorios sumidos en la barbarie.
Hunt decidió entonces restaurar la Mancomunidad, para lo que recluta a los tripulantes de la Eureka Meru como su nueva tripulación. Al terminar la primera temporada, descubren que es imprescindible hacerlo, al descubrir que los magogs, una raza criaturas salvajes caníbales, está organizada en torno a su dios, y posee una avanzada tecnología capaz de arrasar con todo.

• Capitán Dylan Hunt, comandante de la Andromeda (Kevin Sorbo)
• Beka Valentine, capitán de la Eureka Maru y segundo al mando de la Andromeda (Lisa Ryder)
• Tyr Anasazi, un nietzschean del Clan Kodiac (temporadas 1-3) (Keith Hamilton Cobb)
• Seamus Zelazny Harper, ingeniero (Gordon Michael Woolvett)
• Trance Gemini, alien oficial médico de poderes únicos (Laura Bertram)
• Rommie, Ai de la Andromeda y un avatar (Lexa Doig)
• Rev Bem, pacífico científico, lingüista y sacerdote Magog (temporada 1 y 2) (Brent Stait)
• Telemachus Rhade, un nietzchano (temporada 4-5) (Steve Bacic)
• Doyle, un androide (temporada 5) (Brandy Ledford)