También sabemos que LJ está bien, que la hermana Mary Francis aparecerá en la temporada 4, sabremos los motivos que llevaron a Mahone a ser parte de la Compañía y su familia volverá a aparecer en esta temporada aunque nos e sabe si será presencia física o sólo se la nombrará.

La muerte va a continuar pesando en la conciencia de Michael como ya vimos anteriormente pero él tendrá que continuar adelante e intentar aceptar todo eso en su mente. Esto podrá llevarlo a tener algunos conflictos consigo mismo, cuando se trata de la forma en como él debe tratar o reaccionar con determinadas personas. Él quiere acabar con la Compañía y no va a medir sus fuerzas para conseguirlo, pero él todavía se siente responsable por todas las personas que ya murieron a consecuencia de que intentase salvar a su hermano. Como la lista continúa creciendo y él tiene unas intenciones despiadadas esto será cada vez más difícil para Michael.

Michael descubrirá que Sara vive gracias a la ayuda de alguien y por sus propios medios. Bruce le ayudará a localizarla.

Michael ha de tener cuidado porque aquel que lo perseguía en la temporada 2, vuelve. El que durará poco es James Whistler ya que Chris Vance es parte del elenco de Mental aunque el famoso librito de los pájaros seguirá siendo muy importante. Tampoco volveremos a ver a Carlo Alban, quien interpretaba a McGrady, ya que su trama a finalizado.

Los protagonistas se situarán todos en Estados Unidos, por lo que abandonamos Panamá en la serie. Entre ellos debemos incluir a Bellick que culpa a la Compañía de hundirle la vida y clama venganza tanto por el tiempo pasado en Sona como por lo ocurrido anteriormente en Fox River.