Con el MPZ de Atlantis agotado, McKay y Samantha Carter inventan una solución ingeniosa de arreglar el problema de transporte entre las galaxias de la Vía Láctea y Pegasus. Usando 34 Stargates de ambas galaxias, el mando Stargate ha construido una cadena masiva de Stargates entre las galaxias que reducirían el tiempo para viajar entre Atlantis y la Tierra de tres semanas a treinta minutos. La prueba sale bien, pero después de que Sheppard regresa de ella, McKay descubre lecturas extrañas en los sensores del Dédalo. McKay averigua que el contacto anómalo es en realidad un acorazado de clase de Aurora que se mueve cerca de la velocidad de luz. McKay supone que es un acorazado Antiguo dañado que va de Atlantis a la Tierra, pero que tardará un millón de años en llegar aunque su pasaje sólo debería sufrir el paso de una década.
El Dédalo logra entrar en contacto con la nave, el Tria, y transportar al equipo Lantean, aproximadamente cien supervivientes, a Atlantis. Los Antiguos están muy contentos de ver que su ciudad está todavía intacta pero ellos tienen la intención de reclamar la ciudad y pedir ea los Tauri que se marchen. O'Neill y Woolsey llegan a Atlantis para intentar negociar, ofreciendo mano de obra, recursos y la infraestructura para ayudarlos a reconstruir la ciudad, pero la posición de los Antiguos es firme. Ellos reconocen lo que los Tauri han hecho y la deuda que tienen cone llos, pero dicen que necesitan el tiempo después de diez mil años y que en algún punto en el futuro, ellos serán bienvenidos de nuevo.
Sin el apoyo de los Antiguos, y con una invasión Ori de la galaxia de Vía Láctea que frenar, la expedición de la Atlantis es disuelta y devuelta a la Tierra. Teyla, Ronon, y el athosiano son trasladados a otro planeta. Cada uno intenta superar su separación repentina de Atlantis de su propia manera. Sheppard es asignado al mando de un equipo SG, McKay es asignado de nuevo al Área 51 y dan a Beckett un puesto de cirugía en el SGC. Weir quiere el puesto de enlace con los Antiguos para poder así quedarse allí pero no se lo dan a ella sino a Woolsey