A los 18 años, tras finalizar sus estudios, comienza a actuar en obras de teatro en Manchester, donde se traladó a vivir con su familia cuando tenía 12 años. Un agente de la BBC le localiza y acaba trabajando en 1996 en la serie Hetty Wainrhrop Investigates.
Ha trabajado en series de televisión como Monsignor Renard. Monaghan debutó en el cine con la película Boober aunque su papel más conocido es el de Meriadoc "Merry" Brandigamo en la película de Peter Jackson "El señor de los anillos".
Su último trabajo es Perdidos, una serie de gran éxito en Estados Unidos que trata sobre el devenir de 48 supervivientes de un accidente aéreo que están perdidos en una isla.