Hijo de Jo Anne Malkovich, propietaria de un periódico de Benton, y de Dan Malkovich, experto en medio ambiente, de jovencito estudió en la Eastern Illinois University.

Tras estudiar varios años se asocia al director escénico y posteriormente cineasta, Gary Sinise y triunfo como intérprete teatral en el circuito estadounidense para después ser actor y director de la Chicago's Steppenwolf Theatre Company.

En 1984 empieza su carrera cinematográfica al aceptar un papel en "Los campos del infierno" de Roland Jolle. Gracias a la película para televisión "Muerte de un viajante" (1985), que adaptaba una obra teatral de Arthur Miller, consiguió un premio Emmy.

Alcanzaría el estrellato en 1988 como el vizconde de Valmont gracias a su participación en "Las amistades peligrosas" con Glenn Close y Michelle Pfeiffer.

Podemos también destacar El imperio del sol (1987), De ratones y hombres (1992), En la línea del fuego (1993), Mary Reilly (1996), Rounders (1997) y Le temps retrouvé (1999).

Ha debutado como director cinematográfico con la película "Dancer Upstairs" (1998) y "Pasos de baile" (2000) rodada en España. Como productor ejecutivo en "El turista accidental".

Entre sus aficiones destaca la de diseñador de moda.